پیش بینی ساختار دوم آر ان ای (RNA) یکی از حوزه های مهم بیوانفورماتیک می باشد و روش های مختلفی برای آسانتر کردن تعیین ساختار RNA ارائه شده است. RNA یک نوکلئیک اسید می باشد که در ساختار سلول موجودات زنده نقش های مهمی بر عهده دارد. دانستن ساختار RNA نقش بسیار تعیین کننده ای در فهمیدن کارکرد یک رشته RNA دارد. تعیین ساختار دوم رشته RNA بوسیله روشهای مختلف کامپیوتری به طور متوسط سریع تر و ارزان تر از روش های آزمایشگاهی است. این پایان نامه بر آن است الگوریتم SetPSO را که یک الگوریتم بهینه سازی بر پایه کار با مجموعه هاست و از رویکرد مینیمم سازی سطح انرژی استفاده می کند, برای پیش بینی ساختار دوم مولکول RNA معرفی کند.

فهرست :

  فصل اول : مختصری راجع به مولکول RNA

 ساختار شيميايی نوکلئيک اسيدها

  ريبو نوکلئيک اسيد يا RNA

  پروتئين سازی, مهمترين وظيفه RNA

 رونويسی

 ترجمه

  ساختار اول RNA

  ساختار دوم RNA

  مولفه های ساختار دوم RNA

  نحوه نمايش ساختار دوم RNA

  ساختار سوم RNA

  مشخص کردن ساختار طبيعی مولکول RNA

 رويکرد مقايسه ای

 رويکرد مينيمم سازی سطح انرژی

 رويکرد گرامرهای مستقل از متن

 قوانين ترموديناميکی و مدل های مختلف ترموديناميکی

  فصل دوم : الگوريتم SetPSO

  الگوريتم PSO

  SetPSO

 فضای مساله و موقعيت ذرات

 عملگر جمع

 عملگر تفريق

 عملگر فاصله

  الگوريتم SetPSO

 مقدار دهی اوليه به ذرات

 تغيير سرعت ذرات

 به روز رسانی وضعيت ذرات

  پارامترهای الگوريتم SetPSO

  Closing probability

  Random add probability

 ضريب بی نظمی

 ميزان تنوع

فصل سوم : پيش بينی ساختار دوم SetPSO با استفاده از الگوريتم RNA

 نمايش ذرات

  پيدا کردن استم های ممکن در يک رشته و تشکيل مجموعه فراگير U

 مقدار دهی اوليه به ذرات

 روند اجرای الگوريتم در يک نگاه

 پيچيدگی محاسباتی

 نتايج به دست آمده

واژه نامه

منابع و مراجع