در سال 2006، فاز دوم موزه نانجینگ به طور رسمی تصویب شد. پس از چندین دور درخواست طرح بین المللی و داخلی، نزدیک به 30 طرح تا آگوست 2008 در فهرست نهایی قرار گرفتند. در پایان، پروژه طراحی شده توسط تیم آکادمیک چنگ تینینگ برنده شد و به عنوان طرح اجرایی تایید شد. این پروژه از مفهوم طراحی "گسترش، یکپارچه سازی و ساخت و ساز جدید" استفاده می کند. بر اساس این مفهوم، طرح با تحلیل فرم معماری، آرایش عملکردی، سازمان حمل و نقل و منظر محیطی دوره های مختلف سایت، ساختمان الحاقی جدید را به گونه ای سامان می دهد که هماهنگی بین ساختمان های قدیمی و جدید و بین ساختمان حاصل شود. و محیط سایت استراتژی «ادغام» با هدف ادغام کل ساختمان از طریق مرتب کردن چیدمان عملکردی ساختمان‌های جدید و قدیمی، سیستم گردش ترافیک، فضای داخلی و خارجی موزه جدید و قدیمی، فرم‌ها و مصالح جدید و ساختمان های قدیمی، به عنوان نمایشگاه و توابع اوقات فراغت. علاوه بر این، مفهوم "ساختار جدید" طرح از طریق برنامه ریزی کلی فضای محور مرکزی، فرم معماری و منظر محیطی تحقق می یابد.