کنترل داخلی مناسب برای سیستم حقوق و دستمزد مانند سایر روشهای کنترل داخلی شامل تقسیم دقیق وظایف و مسئولیت ها در سیستم حقوق و دستمزد است. در اغلب مؤسسات وظایف و مسئولیت های حقوق و دستمزد بین دوایر زیر تقسیم شده است: ۱-دایره کارگزینی ۲-دایره ثبت اوقات کار ۳-دایره حقوق و دستمزد ۴- دایره پرداخت کن